480本のデータがそれぞれ別のテキストファイルになったのが２セット揃ったので、これを藤宮仁：バイオインフォマティクスのためのプログラミング入門のbio_excel.xlsのマクロを用いて、ワークシートに一気に読み込む。 ついで、文字列関数あたりを駆使して、…

日曜あたりから寒さも緩み、春霞のようなへいじーな空になり、風の匂いに環境微生物の目覚めを感じる。 そろそろPierre Moerlen's Gongにぴったりの季節になったというわけであるが、逆に１月の雨が印象的な（日本映画のほうの）「卒業」の見頃を逸したかも…

最近の大判ノートPCは、割と楽に換装できる設計のものが多いが…これだけ込み入ったのは、今の筆者の体力と気力（さらに、絶対に壊せないという崖っぷちの状況）からは、完走は難しそうである。。[ハードウェア]

帰ってきて、「行列」を見て笑っている家族を一喝してJ:COM ch 38に変える。漫画的ではあるが、若い人のエネルギーを見る思い。[映画]

これからは計算機資源を計算に取られてしまうので、指がキーからはみだしてしまうlibretto U100/190を基幹マシンとして運用する局面を考え、すでにデータは外付け400 GB HDにバックアップしたわけであるが、実際に使うならHappy Hacking Keyboardかな。と、…

普段と比べてそれほど睡眠時間が変わっているわけではないけれど、気がついてみると４時間ずーっと同じ姿勢でケバとりを続けるような生活が続いているので、これは肋間神経痛かも。[健康]

野良ロケの帰りに百均でリストレストを購入。中に小さなビーズの入ったクッションであるのだが、これがなかなか具合よく、昨晩読み込んだファイルのケバとりを進める。 21インチのモニタの方が何かと見通しがよいので、 G4 MacのJEdit Xで作業を続ける。ひと…

風は強いがうららかな日差しあり。ここのところ毎日ぶっ続けで作業しているので、目と肩と手首と気持ちがぼろぼろであったのが、少し癒される。

前版までとかわって、かなりお安く導入できそうであるのと、イタリック体にもきちんと対応できる英文認識エンジン搭載と謳っているので、テスト中。こちらは、401ページを丸ごと読み込むことが可能であるので、透明テキストのはりつけも楽であろうと予想。 …

追記2: 翌朝来てみるとvimの画面にデータが表示されている！最終行は121,469,462行と表示されていて、予想していたのよりも約４倍多いのが気がかりであるが、データの途中でtruncateされている気遣いは無用のようである。１億を越えるとうきうきして、資産公…

急場しのぎのプレゼンルームであるから、PAが悪いとか、投影されたスライドがまともに見えないとかで、やる気が出ないのもわからんではないが、とこしえに流転して行く先も知れず帰るところを忘れるお話しを拝聴しながら、ついそのたゆたう流れに筆者も一艘…

TIFFイメージをため込むテンポラリディレクトリをCドライブに掘られるので、OOo.org 2.0などもアンインストールして空き容量を確保、4回に分けてなんとか310ページ分のテキスト化を完了。 ただし、もともとお作法本のような本で、イタリック書体のところが多…

BBEditはかれこれ７時間、ディスクアクセスを実行するが、まだ停まらず。まあ、20万シーケンス×162行／シーケンス＝3200万行読み込むのであるから、気長に待つことにするが、停まるのはハードディスクが過熱したときかもしれない。。 待っている間に、こけさ…

もうひとつ、電話帳並みのPDFファイルから基準配列の名前を抜き出すために、Vectorからダウンロードして試用。eTypistを作っていた会社の製品とは、お懐かしい限りである。一度に認識できるのは100ページまでなので、310ページを４回に分けて認識させないと…

てきとーなフィルタを通して不要なものを切り捨てれば、なんとか扱えるサイズになるであろう…と考えて、そういえば「テ料理本」があったはず、と書棚を探すに、見つからず。AWKの第一歩をダウンロードして、第一歩を踏み出す。 が、こういう「鰹節形式」でい…

というので、反省会で蒸し返された計算なのだが、電話帳なみの分厚さのバイブルにのっている基準配列を一から検索、ダウンロードしていると何年かかるかわからず。かといって、すべてを網羅している（はず）のリリース9.35のデータ約20万本は、bzip2で固めて…

一人で定食を食べていたら、御奉行様、連隊長、親分が続々と集結し、昨晩の反省会が始まる。[メタゲ]

昨晩夜更けまでかかって、系統樹の計算を始めて、朝データを回収、うちの課に導入された最新鋭のプロッタプリンタのドライバをG4 Macに導入して、NJplot for Mac OS XからエクスポートしたPICTファイル（A4サイズ）を日干し煉瓦イラストレーターに読み込んで…

今夜はH-IIAロケットのある射場の夜景を堪能できるのであろうか？→できた。[JAXA]

というので、ClustalXで出力した２つのファイルをMariner Calcに読み込んで、行方向、ならびに列方向でソートをかけた結果をJEdit4にうつし、データ区切りのtab記号を改行にかえてふたたびcsvファイルとして保存、これを32000行ずつもういちどMariner Calcに…

やっと計算が終わった＊＊行列のデータ(330x330)をExcelに読み込んで処理しようとするが、標記エラーが発生して後ろの方の列が読み込まれず。これは、Excelワークシートの最大65,536行×最大256列に引っかかっているのだということが判明。ならばと、OpenOffi…

家に帰ってきて、USBフラッシュディスクの容量がギガ（バイト）とかメガ（バイト）の話になって、ついでなので一同に「鳥獣戯画を知っているか」と聞いたら、誰もが知らないという。 CEOに至っては、「そんな超獣TVに出てきたかなぁ？」と思っていたそうで、…

クライアントの切れ目に、libretto U100を持っていって接続。アイスアールグレイティー一杯でGmail受信して、やぢをニュースを執筆してというのに、キーが小さすぎてミスタッチを多発しているがそれを上回る便利さあり。本日は自宅で計算が終わらなくて留守…

輸入再停止となった米国産牛肉について、米国の政府も業者も「これは食品安全の問題ではなく、約束を破ったという道義上の問題だけの話だ」とおっしゃっている。「もし西海岸に出荷したのなら安全な牛肉として問題なく使用されたであろう」との趣旨の（日本…

昨今喧噪かまびすしいほりえもんさんの会社で始めていたアレは、今後どうなるのであろうか。福岡では、空港には無料のサービスがあるそうであるが、エアポート以外では依然としてマクドに駆け込まない限りつながりそうにない。ただし、野良営業先のごく至近…

休日（重役）出勤して、G4 MacでReimy: Chimesをヘビーローテーションしながら作業を進めようとしてiTunesを立ち上げると、お三方のミュージックライブラリがイントラネットで共有されていることに気がつく。デフォルトでは「共有」はOFFってあるのだから、…

夜なべ仕事の計算は二万数千秒で終わっていたのであったが、得られたデータから系統樹を作ろうとしたりする時にClustalXが不安定でしばしばsegvる。ホームページを訪ねるにTiger対応版を発見、インストール。それでも動作不安定なところも見受けられるが…。 …

自分の生まれる前のことなど遠い昔のようであるが、年とって年長の叔父が鬼籍に入ったりするのをきっかけに、つらつら考えてみて、人の一生は長いように見えて短いものであるなと思ったりする。これを歴史的な視点と言うのか、単に年とって大雑把さに磨きが…

先遣隊の84本のデータが着信したので、早速データ解析に悩殺されはじめる。ClustalX 1.8/Win XP on Pen-M 1.2 GHz 1GB RAMと、ClustalX 1.8.1/Mac OS X 10.4 on dual 1.24 GHz G4 Macで比較すると、Macの方が2倍近く早いので、こちらで（基準配列を400本ほど…

キーが小さすぎてタイプが難しい問題はさておき、DVDドックをつけるとOSは起動しないままDVDプレーヤとして使えたり、なかなか自分で使わない人には出せない発想の新機軸があって感激する。さらに、バッテリーのもちは驚異的によいように感じる。これをどこ…