Qiime 2のご指南を受けないといけないと思いはじめて１か月ほどになるが、なかなかあらまほし先達は見つからず。
DRY解析というタイトルのついたよさそうな本が目に止まっている。その無味乾燥な呼び方には抵抗もあるが、どのような章立てになっているのか、Qiime 2のご指南はあるのか、出版社から目次ページと追加説明のPDFを取り寄せてみたが、それでもよくわからない。
ただし、解析ツールやその使い方をGitHubで共有しようよという哲学のもとに編纂されていて、各章ごとにサポートページという位置づけでGitHubのプロジェクトが公開されているようになっているのが素晴らしい。
微生物ゲノム解析では、ダウンロードしたJupyter Notebook上で、Shift-Enterキーを押してコマンドを実行していくだけで、ツールをインストールしたり、公共データベースに登録されている生の短い配列データ集をダウンロードして、端を切りそろえたりして、２時間ほどでアセンブルできてしまった。実際には93の巨大contigにまとまったところまでであるが、休みの日にソファーに横になったままゲノム解析できるとは…。
1989年頃にMathematica、つい最近（と思いながら4年も前になったが）Wolfram Alphaに覚えた感激と驚きを、Jupyter Notebookで思い出したのであるが、今度はopen data investigationでリアルタイムにbioinformaticsして誰かを驚かせたいと念願しているのであるが、そのヒントになりそうなsra-quantoは、RubyのBundlerのインストールがうまくいかず。
