MacBook Proを買う気がもりもり盛り上がっている。
それで、まずMBAを将来の解析マシンに見立てて、MBAから一旦condaやpython 3も抜いてクリーンな状態からpython 3.9やqiime2を再度インストールした。current protocolの解析を一通りやり遂げるところまで仕上げて、これをモデルとしてスケールアップしていくためにMacBook Proを導入というシナリオを考えている。
Jupyter Notebookに従ってcurrent protocolの通りに解析を行うとすると、qiime2インストールに続いて「dependency」パッケージ(songbird, redbiom, bioconda, bowtie2, SHOGUN, q2-shogun, cytoolz)をcondaやpipでインストールする（ようにしましょうと書いてある）。ところが、何かのパッケージがtensorflow-estimatorモジュールのバージョン1.15.1に依存しているらしく、「2.2.0が入ってます」エラーで3. Create a summary of demultiplexed filesの解析が進まないのが（３）での問題点であった。
tensorflow本体や関連モジュールのバージョンは1.15.1なのに、estimatorだけバージョンが2.2.0で、ダウングレードできそうにないし、いっそ「dependency」パッケージを入れる前の素のqiime2でやってみたらどうかと試すまえに、とりあえずconda remove tensorflow-estimatorで、依存関係にある20パッケージも同時退場させた環境で試してみた（ボーマン船長の戦略）。
同時退場になったsongbirdを使う解析はうまく行かないが、それ以外の解析は可能であることが確認でき、bashスクリプトにまとめられそうである。一方で、解析記録をJupyter Notebookで残しておけるのはありがたいのである。そのうちにバージョンアップで使えるようになることを切に念願する。
一方で、筆者が本当に狙っていることはQiime2でなくてもredbiomだけでまかなえそうなことがわかってきて、少し脱力してしまった。MacBook Proを導入する必然性が揺らぐ事態となっている。
後日記(2022.02.19)＞Pythonの環境に応じてインストールしわけなければならないようで、何が何でも最新バージョンととんがらせてはいけないことを反省。
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