実に4週間かかって、ClustalX 2.0.5 on Win XP / Core2 6300 @ 1.86 GHzによるアラインメントが終了した。所要時間およそ242万秒は、前回のClustalW 1.8.3 on Linux / Celeron 2.8 GBでのものよりも4割ほど遅い。クロック数の逆数比が1:1.5になっていることと、シングルコアしか計算に与らないことを考えると、CPUのクロックスピードだけで計算時間を精度よく予想できそうである。
約1か月タスクマネージャで50 %をキープしていたCPU使用率は0〜1 %に下がったが、ページファイルのほうはClustalX 2.0.5がデータを保持している間は1.46 GBのままである。見栄で実装した4 GBメモリ（の、そのうちXPカーネルが認識する3 GB)はオーバースペックであるが、意外とメモリを食うものであるなというのが実感である。今回の規模のアラインメント計算をふたつ並行してやるのがぎりぎり限界かもしれない。
さて、以前思わぬ伏兵になったのがMS Updateで、自動ダウンロード、インストールの最も安心なオプションを選んでおくと、月半ばにアップデート後自動的に再起動がかかってそれまでの計算結果が忘却のかなたへ消えてしまうというものであった。今回は、ダウンロードはするがインストールはしないオプションで、何とかやり過ごした。計算を始めたらネットワークから切断してしまえばよいだけの話ではあるが。[XML]
