実は筆者のエンジンルームのLinuxワークステーションは、昨年Mo3がリリースされたあとも、Mo2のまま運転していた次第である。
それで、PowerEdge SC1420をMo3にダウングレードしてみると、NCBI toolkitのmakeはまったく問題なくすっと通ることから、Mo3とMo4との間には大きな溝があることを確認。Mo4の（主にMotifなどのグラフィック）ライブラリ配置が変わっている部分を、水映心(alias)で補えばよさそうである。そのためにはMo4とMo3のスペックファイルの差分をとればよいであろう。そのためにはソースのrpmの中のspecファイルをdiffすればよさそうである、という具合に展望が開けてきた。このままMo3で運用するのも楽といえば楽であるが、セキュリティアップデートがサポートされないバージョンでネットワークに接続するのは危険であろう。
mpiパッケージを入れて、mpiで並列化したclustalwを走らせると1/2の時間で終わるだろうかと期待していたら、実はXeonは2 coreなので、合計4 coreが並列動作するということで、さらに期待が膨張するのであった。[配列解析]
