１万本ほどの配列のアラインメントをClustalXでやろうとするとダダをこねられるが、CUIの方のW（のFAST and Approximateモード）なら、問題なくこなせることがわかった。ラフにアラインできれば、端を切りそろえて手早くより詳しく計算し直せば、なんとか実用になりそうである。ただし、総当たりで１億ペアの計算をするので、さすがにovernightの計算となる。アウトグループの配列を入れ忘れて、再計算の憂き目にあっているのであるが、道が開けて数歩前進したので満足である。
対象が3万本に増えたら、計算時間はまたまた「百億の夜と千億の昼」化してしまうであろう。いや、メモリ不足の方が先であろうか。シーケンシングテクノロジーとCPUの性能の追いかけっこである。[配列解析]
