昨晩試したbioKnoppixでちゃんとClustalXが稼働していたのに触発され、HALcaでのrebuildを試みる。
まず、こちらの情報にしたがって、NCBI toolkitをダウンロード、/usr/localあたりで解凍して、make。ノーミスで終了する。次にclustalx1.83.src.tar.gzをダウンロード、makefileのNCBI toolkitライブラリとインクルードファイルのありかだけ変更してmake installすると、libXm, libXmu, libXt...が見つからないとだだをこねる。
momonga linux 2には、openMotif 2.2.4-5mがちゃんとインストールされているのに、どうしてリンカはそのlibXm.soを見つけられないのかとかなり悩んで試行錯誤する。が、たしかさっき、NCBI toolkitをmakeしているときにも同じライブラリをリンクしていたのに、どうしてあちらではエラーが出ず、こちらでは山のように出るのか？というところに着眼して、clustalxのmakefileを見直してみて、リンカへのオプションの中で「-L/usr/X11R6/lib」でありかを教えてあげればよかったのだと気がつく(そういえば、これはずっと昔にRaster3Dかmolscriptでとった杵柄だったような気がしてきた)。ついでに、コンパイラオプションでコードの最適化も計っておく(-O3 -mcpu=pentium4)。
これで、makeがすっと通るようになって、できたClustalX1.83に、早速作ったデータを食わせて計算を開始した途端、UPSの警報が鳴りやまず。PowerMacとHALcaの両方が最高速で計算すると消費電力の合計が容量を越えるようである。HALcaをいったんシャットダウンして、別のUPSにつなぎかえ、renice -20したところでの体感速度は、Xeon 1.7マシンよりも約５倍以上早い。ハードウェア的に10倍加速させるために、一体いくら投資しなければならないかを考えれば、結局これは自分でチューニングしてmakeできるシステムの勝利であるといえるのではないか。
PowerPC G4 1.2 GHz dualのClustal XはFastモードで動かしているのだが、それと比べても１ケタ速い。などと書くと、おしかりを受けそうであるけれど、これはまだまだOS X版も最適化の余地があるということだと思う。[Momonga Linux]
